조합관리청의 보고서에 의하면 총 40여개의 조합들이 부실운영이나 규정을 어린 운영으로 지적받아 해산조치가 내려졌음이 알려졌다. 해산 조치의 원인으로는 재정운영의 부실 , 공급업자 관리 부정, 법정소송, 운영자금 부족, 마이너스 자산 등 조합관리청으로부터 운영개입을 받은 이유도 다양했다. 조합관리청은 조합운영에 관한 비정상적인 내용이 발견되면 조합운영 개입을 결정, 조합의 계속적인 운영이 가능한 것인지 여부를 검토한 후 해산을 지시할 수 있다.
일부 조합의 경우 조합자산의 손실을 기록하고 있으나 관리가능성이 있다고 판단될 경우 해산대신 운영정상화 프로젝트를 제출하도록 하고 이를 바탕으로 회생기회를 부여하는 케이스도 있다.
최근 10년간 조합설립이 크게 늘었지만 반면 부실운영 조합의 숫자도 함께 늘어나고 있다는 지적이다. 2016년부터 현재까지 33개 조합의 운영이 취소됐으며 가장 최근 해산이 최종 결정된 5월 17일 경찰소비조합의 경우 430억과라니 이상의 마이너스 결산을 기록하는 등 방만한 운영이 지적됐다.
